Akşehir Gölü'nün ekolojik dengesinin korunması, bu doğal alanın sürdürülebilirliği açısından son derece önemlidir. Bu dengeyi sağlamak için çeşitli stratejiler geliştirilmelidir. Su kaynaklarının yönetimi, yerel halkın bilinçlendirilmesi ve biyolojik çeşitliliğin korunması gibi adımlar, gölün geleceği için kritik bir rol oynamaktadır. Bu hususlar, ekosistemin sağlıklı bir şekilde devam etmesi için hayati öneme sahiptir.

Akşehir Gölü'nün ekolojik dengesinin korunması için şu adımlar atılabilir:

• Su kaynaklarının etkin yönetimi: Gölün mevcut su kaynaklarıyla beslenmesinin sağlanması ve su kirliliğinin azaltılması.
• Sulak alan yönetiminin iyileştirilmesi: Biyolojik çeşitliliğin korunması, su ürünleri potansiyelinin yeniden kazanımı ve sürdürülebilir tarımın sağlanması.
• Halkın bilinçlendirilmesi: Yörede yaşayan halkın çevre bilincinin artırılması ve koruma-kullanma dengesinin oluşturulması.
• Proje ve altyapı çalışmaları: Akşehir Kanalizasyon ve Atık Su Arıtma Tesisi projelerinin uygulanması.

Akşehir-Eber Gölleri Sulak Alan Yönetim Planı, bu amaçlara ulaşmak için 2005 yılında hazırlanmış ve 2007 yılında tamamlanmıştır. 2025 yılı itibarıyla Akşehir Gölü tamamen kurumuştur. Yağışların artması ve planlanan projelerin hayata geçmesiyle gölün yeniden dolması beklenmektedir.