Ali Paşa Camii, mimarisi ve tarihi ile dikkat çeken önemli bir yapı olmasının yanı sıra, kullanılan sütunlarıyla da ilgi çekmektedir. Bu sütunlar, caminin inşa edildiği dönemin estetik ve mühendislik anlayışını yansıtırken, yerel taşların ve malzemelerin nasıl kullanıldığını da ortaya koymaktadır. Yerel ve antik kalıntılara dayanan bu sütunlar, caminin tarihine ışık tutan önemli unsurlardır.

Ali Paşa Camii'nde kullanılan sütunların tarihi, caminin inşa edildiği döneme dayanmaktadır. Örneğin, Tokat'taki Ali Paşa Camii'nde bulunan sütunların, caminin inşasında kullanılmış 8 adet gri sütunun, kentteki Komana Antik Kenti'ne ait olabileceği düşünülmektedir. Ayrıca, Erzurum'daki Ali Paşa Camii'nde de taş sütunlu ve kemerli çeşmeler bulunmaktadır. Ancak, İstanbul'daki Hekimoğlu Ali Paşa Camii'nde kullanılan sütunlar hakkında spesifik bir tarih bilgisi bulunmamaktadır. Bu caminin sütunları, sağlam kesme taşlardan yapılmıştır ve 1734-1735 yıllarında inşa edilmiştir.