1988 yılında meydana gelen deprem, Ani Katedrali için tarihi bir dönüm noktası oldu. Bu olay, katedralin mimari yapısını ciddi şekilde etkileyerek, geçmişte yaşanan felaketlerin izlerini daha da derinleştirdi. Deprem sonrasında katedralde yaşanan yıkım, hem yapının estetik değerini hem de tarihi önemini sorgulanır hale getirdi. Zamanla, bu durumu düzeltmek amacıyla başlatılan restorasyon çalışmaları, katedralin geleceği için hayati bir rol oynamaktadır.

1988 depreminde Ani Katedrali'nde yaşananlara dair bazı bilgiler şunlardır:

• Hasar: 1988 depremi, katedralin kuzeybatı köşesinde ciddi yıkımlara ve çatlaklara yol açmıştır.
• Çatı Parçaları: 1998'e doğru, çatının parçaları düşmeye başlamıştır.

Ani Katedrali, 1319 depreminde büyük hasar almış ve kubbesi yıkılmıştır. 1988 depremi ise bu hasarın üzerine eklenerek yapının daha fazla zarar görmesine neden olmuştur. Günümüzde katedral, restorasyon sürecinde olup, çelik desteklerle güçlendirilen doğu duvarı çökme tehlikesiyle karşı karşıyadır.