Amasya Kalesi, tarihi boyunca pek çok medeniyete ev sahipliği yapmış ve sürekli olarak inşa ve onarım süreçlerinden geçmiştir. İlk inşaatının Antik Çağ'a dayandığı bilinen bu kale, zamanla farklı imparatorluklar tarafından restore edilerek varlığını sürdürmüştür. Türklerin bölgeyi fethetmesiyle birlikte, kale önemli değişikliklere uğrayarak günümüzdeki görünümüne kavuşmuştur.

Amasya Kalesi'nin yapım süreci şu şekilde gerçekleşmiştir:

• Antik Çağ: Kalenin inşası Antik Çağ'a dayanmaktadır. Bazı kaynaklara göre kale, Pontus Kralı I. Mithridates tarafından M.Ö. 3. yüzyılda yaptırılmıştır.
• Türk Hükümdarı Karsan Han: Diğer bazı kaynaklar ise kaleyi inşa ettirenin Türk hükümdarı Karsan Han veya Harsana olduğunu belirtmektedir.
• Tarih Boyunca Onarımlar: Kale, tarih boyunca Pers, Roma, Bizans, Danişment, Selçuklu, Eretnalı ve Osmanlı egemenlikleri altında kalmış ve çeşitli dönemlerde onarım görmüştür.
• 1075 Fethi: 1075 yılında Türklerin Amasya'yı fethetmesiyle kale önemli bir restorasyon sürecine girmiştir.
• Selçuklu Sultanı I. Mesud: Anadolu Selçuklu Sultanı I. Mesud, İç Kale'yi onararak burada cami, medrese ve hamam yaptırmıştır.
• Eretnalılar Dönemi: Eretnalılar döneminde Amasya Emiri Şadgeldi Paşa kaleyi tamir ettirerek cami ve hamam ilave etmiştir.
• Osmanlı Dönemi: Osmanlı döneminde kale yapıları arasında medrese, hapishane ve Yıldırım Han Camii yer almıştır.

Amasya Kalesi, 2009 yılından itibaren Prof. Dr. Emine Naza Dönmez'in başkanlığında yürütülen arkeolojik kazılarla incelenmektedir.