Akyatan Lagünü, doğal zenginlikleri ve ekosistem dengesi ile dikkat çeken bir su ekosistemidir. Bu lagün, hem yerel hem de uluslararası düzeyde önemli bir biyolojik çeşitliliğe ev sahipliği yapmaktadır. Göçmen kuşların uğrak noktası olmasının yanı sıra, nesli tükenme tehlikesi altında olan deniz kaplumbağaları için de kritik bir üreme alanıdır. Ayrıca, biyoçeşitlilik açısından sunduğu araştırma olanakları ile bilim dünyasında önemli bir yere sahiptir.

Akyatan Lagünü'nün ekolojik önemi şu şekilde özetlenebilir:

• Göçmen kuşlar için barınma ve kışlama alanı. Lagün, biri Balkanlar'dan diğeri Kafkaslar'dan gelen iki ana kuş göç yolunun kesişme noktasıdır. 1990 yılında yapılan gözlemlerde, bölgede 250 kuş türü tespit edilmiştir.
• Nesli tehlike altındaki türler için üreme alanı. Akyatan, Chelonia mydas (yeşil deniz kaplumbağası) ve Caretta caretta (iri başlı deniz kaplumbağası) gibi nesli tehlike altındaki türlerin Akdeniz’deki en önemli yuvalama alanlarından biridir.
• Biyoçeşitlilik merkezi. Lagün, biyocoğrafya, ekoloji, ekotoksikoloji, epigenetik ve su ürünleri yetiştiriciliği gibi birçok bilim alanı açısından önemli araştırma fırsatları barındırmaktadır.
• Yüksek birincil ve ikincil üretim. Lagün, akarsuların taşıdığı besleyici tuzlar nedeniyle yüksek birincil ve ikincil üretime sahiptir.

Ayrıca, Akyatan Lagünü, Ramsar Sözleşmesi kapsamında korunmaktadır.