Amasya'nın zengin tarihine ışık tutan Amasya Arkeoloji Müzesi, bölgedeki fosil kalıntıları ile de dikkat çekiyor. Bu müze, geçmişe dair önemli bilgiler sunan çeşitli fosil türlerini sergileyerek, hem bilim insanlarının hem de ziyaretçilerin ilgisini çekiyor. Özellikle Eosen devrine ait nadir bulunan kalıntılar, bölgenin jeolojik tarihine dair önemli ipuçları veriyor.

Amasya Arkeoloji Müzesi'nde sergilenen fosiller, Senozoik Zaman'ın Eosen devrine (yaklaşık 54-38 milyon yıl öncesi) tarihlenmektedir. Bu fosiller arasında soyu tükenmiş amonitler ve nadir bitki kalıntıları bulunmaktadır. Ayrıca, 2021 yılında Amasya'nın Suluova ilçesindeki Kerimoğlu köyünde su aramak için kazı yapan köylüler, mamutlara ait olduğu düşünülen kemik fosilleri bulmuştur. Bu kemikler de Amasya Müzesi'nde muhafaza edilmektedir. Amasya Arkeoloji Müzesi, hem sergilediği eserler hem de düzenlediği etkinliklerle bir eğitim merkezi ve bilimsel cazibe noktası olarak kabul edilmektedir.