Pamukkale'deki traverten havuzları, doğal güzelliklerinin yanı sıra, su seviyelerinin zaman zaman değişmesiyle de dikkat çeker. Bu durum, bölgedeki termal su kaynaklarının yönetimi ve çevresel etmenlerle doğrudan ilişkilidir. Havuzların doluluk oranları, estetik kaygılar ve suyun kalitesini korumak amacıyla belirli periyotlarla düzenlenmektedir.

Pamukkale'deki traverten havuzlarının her zaman dolu olmamasının sebebi, termal suyun kontrollü bir şekilde verilmesi ve travertenlerin belirli sürelerle kurutulmasıdır. Bunun nedeni, uzun süre aynı noktaya akan ve miktarı fazla olan termal suyun yosunlanmaya neden olması ve beyaz travertenlerdeki suyun yeşil renge dönmesidir. Hem güzel bir görüntü oluşmasını sağlamak hem de çökeltinin sertleşmesini sağlamak için traverten terasları belirli süreler boyunca kurutulur.